Az ezred jogelődje 1950-ben alakult meg Szentkirályszabadján, majd átképzés céljából Kecskemét, később Taszár és Sármellék repülőterekre települt át. 1958-ban ezreddé szerveződött és a 47. Vadászrepülő Ezred hadrendi elnevezést kapta. Véglegesen új helyőrségbe, Pápára 1961-ben került. Az ezred alaprendeltetése és feladata az Északnyugati irányból támadó légi célok megsemmisítése, a hadosztály oltalmazási körzetében elhelyezkedő objektumok védelme volt. A Magyar Légierőnél elsőként kapták meg a 2200 km/órával repülő MiG-21 vadászgépet, amelynek különböző változataival 40 éven keresztül biztosították az ország légterének védelmét. Ebből az ezredből került ki Farkas Bertalan százados, aki 1980. május 26-án a Szaljut-36 űrhajó fedélzetén első és mindmáig egyetlen magyarként megjárta a világűrt.

A repülőtér felújítása idején az ezred szárazföldi és légi manőverekkel áttelepült Mezőkövesd és Szentkirályszabadja repülőterekre, majd a teljes rekonstrukció befejezésével újra Pápán folytatták a repülő harckiképzést.

A 80-as évek végén a személyi állomány létszáma csökkent, az alakulat ezred szervezetből osztály szervezetté alakult. 1992-ben az alakulatnak otthont adó Pápa város önkormányzata egyetértésével az ezred felvette a 47. Pápa Harcászati Repülőezred nevet. A haderőcsökkentés és átszervezés miatt 2000. augusztus 24-én ünnepélyes keretek között az MH 47. Harcászati Repülőezred gépállományát kivonták, az utolsó búcsúrepülést követően – amelyet 16 db MiG-21 BISZ és UM repülőgép hajtott végre – a teljes gépparkot leállították. 2001. június 30-án az ezred megszűnt, július 1-jén pedig megalakult belőlük az MH Pápa Bázisrepülőtér.